В состав Ногайского муниципального района входят 8 населённых пунктов, объединённых в 5 сельских поселений:

Эркен-Шахарское,

Адиль-Халкское,

Икон-Халкское, 

Эркен-Халкское, 

Эркен-Юртское.

Административный центр и самый крупный населённый пункт района – посёлок Эркен-Шахар, расположенный в 20 км от столицы республики – города Черкесска. В черте посёлка имеется железнодорожная станция Эркен-Шахар. Другие крупные населённые пункты района –аулы Икон-Халк и Эркен-Юрт.